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Why: the pin-documents flow exposed guard divergence — precheck counted submodule drift while task-start checked porcelain only, letting a task start despite a BUSY verdict; and PR#8 overcorrected by treating uninitialized (-) submodules as BUSY when they only block builds, not writes. Evidence: bash -n clean; precheck on this checkout prints tree line with drift/uninit split and READY verdict; negative path exercised by the real divergence that started this task. Impact: precheck warns on uninitialized, BUSY only on +/U; task-start now refuses on porcelain dirt and +/U drift, matching precheck. Refs: PR#8; policy/tool-adaptation-matrix.md A1
Agent-System-Dev
Agent-System 的开发集成仓（父仓）：以 submodule 固定全部模块组合，承载跨仓构建、测试编排与原生（非容器）开发环境。非分发单元——发布物在 Agent-System-Releases。
组合结构
modules/core Agent-System-Core 核心契约（领域模型/事件协议/插件 API/设置与 UI 词汇）
modules/backend Agent-System-Backend 后端单二进制（内嵌前端与嵌入式 SQLite）
modules/frontend Agent-System-Frontend 前端（React 19 + Vite + TS）
modules/documents Agent-System-Documents 系统文档与过程记录
deps/development-guidelines 开发规范（gitlink 固定版本）
deps/agent-native deps/agent-squad deps/agent-intent 生态执行/编排/意图
deps/error-code-system deps/logging-system 基础设施
plugins/ 示例插件与插件开发参考（P4 起填充）
父仓 gitlink 是各组件源码版本的权威；构建、审核与发布固定提交，不执行 submodule update --remote。
常用命令
make sync # 物化全部 submodule（递归）
make build # 构建单二进制 bin/agent-system
make test # 全量测试
make dev # 开发模式说明（前后端分离热更新）
约束（全局）
- 非容器化部署：默认单二进制，必要时拆分多个原生二进制；不发布容器镜像。
- 依赖方向：frontend→core←backend；插件只依赖 core；生态仓依赖纪律沿用各仓既有约定。
- 开发规范：
deps/development-guidelines（见各仓 AGENTS.md）。
文档
设计方案：modules/documents/docs/proposals/2026-09-29-system-skeleton-design-and-plan.md（含 D1–D16 决策记录）。